A cromatografia de aminoácidos quantitativa é utilizada no rastreamento de doenças do metabolismo de aminoácidos como a homocistinúria, tirosenemia, entre outras, e na investigação de erros inatos do metabolismo. É indicado quando paciente apresenta retardo do crescimento, vômitos recorrentes, deterioração neurológica e para o monitoramento de alguns erros inatos. Os níveis de aminoácidos no sangue dependem da idade e do estado nutricional no momento da coleta.