Anticorpos anti Endomisio IgA são encontrados na doença celíaca, que é uma intolerância ao glúten que causa doença enteral crônica. Reações alérgicas-toxicas da membrana da mucosa intestinal contra o glúten ocorrem causando danos à membrana enterocitica com um decréscimo da atividade da enzima da borda em escova. Este processo provoca a ativação de uma defesa imune local induzindo a uma atrofia das vilosidades. O anti-endomísio IgG tem sensibilidade menor ao anti-IgA.
